购进农产品，从按照简易计税方法依照3％征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人处取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。

因地震（自然灾害）导致该批玉米损毁的20%，可以从销项税额中抵扣；取得农产品收购发票，进项税额＝买价×9%。因此，甲公司当月收购玉米准予抵扣的进项税额＝43 600×9%＝ 3 924（元）。

题目所述内容正确。非正常损失的外购货物，不得从销项税额中抵扣进项税额。非正常损失包括因违反法律法规造成货物或不动产被执法部门依法没收、销毁、拆除的情形。