企业发生的非正常损失，如因管理不善造成货物被盗、丢失、霉烂变质，以及因违反法律法规被执法部门依法没收或强令自行销毁的货物损失等情形，其进项税额需要转出，不得从销项税额中抵扣。故，本题说法正确。

选项 A 错误，已单独确认进项税额的购进货物用于投资时，应视同销售，确认增值税销项税额，其对应的进项税额可以抵扣，不需要作进项税额转出；选项 B 正确，委托加工的货物对外捐赠，应视同销售，确认增值税销项税额；选项 C 正确，存货发生非正常损失，进项税额不得抵扣，应作进项税额转出处理；选项 D 错误，企业管理部门领用自己生产的产品，不视同销售，不需要确认增值税销项税额，直接按成本领用，借记“管理费用”科目，贷记“库存商品”科目。

小规模纳税人采用简易计税方法，进项税额不得抵扣，就算取得了增值税专用发票，进项税额也不得抵扣。即购进货物、应税服务或应税行为，取得增值税专用发票上注明的增值税，一律不予抵扣，直接计入相关成本费用或资产。

房地产开发经营企业销售房地产应缴纳的土地增值税，借记“税金及附加”科目，贷记“应交税费——应交土地增值税”科目。