纳税人购进用于生产销售或委托受托加工 13%税率货物的农产品，允许加计扣除，按照10%的扣除率计算进项税额：购进时，凭票据实抵扣或以9%扣除率计算抵扣；生产领用农产品当期，根据领用的农产品加计1%抵扣进项税额。购进的货物用于个人消费和集体福利不得抵扣进项税额。应纳增值税=50000×13%-40000×3/5×（9%+1%）=4100（元)。

非房开企业的一般纳税人转让其2016年4月30日前自建不动产，选择适用简易计税方法计税，以取得的全部价款和价外费用，按照5%的征收率向不动产所在地主管税务机关预缴税款。甲企业应该在B地预缴的增值税＝1000÷（1+5%）×5%＝47.62（万元）。

选项D，跨境电子商务零售进口商品的单次交易限值为人民币5000元，个人年度交易限值为人民币26000元。在限值以内进口的跨境电子商务零售进口商品，关税税率暂设为0%。

【答案】B

【解析】工业企业自营出口或者委托外贸企业代理出口自产货物适用免抵退税办法。