选项D，应计入营业外收入。

存货盘亏及毁损在按管理权限报经批准后对于入库的残料价值记入“原材料”科目，选项A正确；对于应由保险公司或责任人赔偿的部分，记入“其他应收款”科目，选项B正确；因自然灾害等非常损失造成的原材料毁损净损失应记入“营业外支出”科目，选项C正确；扣除残料价值和应由保险公司、过失人赔款后的净损失，属于一般经营损失的部分记入“管理费用”科目，选项D正确。

甲公司能够对乙公司产生重大影响，应采用权益法进行后续计量。初始投资成本小于投资时应享有被投资单位可辨认净资产公允价值份额的，应调整其初始投资成本。会计处理如下：

确认长期股权投资初始投资成本：

借：长期股权投资——投资成本  500

　　贷：银行存款  500

调整长期股权初始投资成本：

借：长期股权投资——投资成本  100（1 500×40%－500）

　　贷：营业外收入  100

题目所述内容正确。