已经开具的发票存根联和发票登记簿，应当保存5年。

甲公司财务会计制度能够如实核算和提供生产经营情况，并能正确计算应纳税款和如实履行纳税义务，适用查账征收（选项B）。选项A，适用于税务机关批准的生产、经营规模小，达不到建账标准，难以查账征收，不能准确计算计税依据的个体工商户和个人独资企业；选项C，适用于生产经营规模较小、产品零星、税源分散、会计账册不健全，但能控制原材料或进销货的小型厂矿和作坊；选项D，适用于纳税人财务制度不健全、生产经营不固定、零星分散、流动性大的税源。