可以抵扣的增值税进项税额不计入原材料的初始入账金额，故该批原材料的初始入账金额=100+1=101（万元），选项D当选。

存货的采购成本，包括购买价款、相关税费（选项C）、运输费、装卸费、保险费以及其他可归属于存货采购成本的费用。其他可归属于存货采购成本的费用是指采购成本中除上述各项以外的可归属于存货采购的费用，如在存货采购过程中发生的仓储费、包装费、运输途中的合理损耗、入库前的挑选整理费用（选项A）等。

企业采用先进先出法核算发出商品的成本，先购进的商品先发出。

结存材料实际成本=月初材料实际成本+本月购入材料实际成本-本月发出材料实际成本。月初M材料实际成本=300×10=3 000（万元），本月购入M材料实际成本=200×11（第一批购入）+100×12（第二批购入）=3 400（万元），本月发出M材料400吨的实际成本=300×10（月初材料单位成本）+100×11（5日购入的单位成本）=4 100（万元）。故该企业9月末结存M材料的实际成本=3 000+3 400-4 100=2 300（万元）。

毛利率法是指根据本期销售净额乘以上期实际（或本期计划）毛利率计算本期销售毛利的一种方法。表述正确。