发行股票相关的手续费、佣金等交易费用，如果是溢价发行股票的，应从溢价中抵扣，冲减资本公积（股本溢价）。该公司发行股票应记入“资本公积——股本溢价”科目的金额=6 000×（6-1）-1 080=28 920（万元）。

留存收益包括盈余公积和未分配利润。选项A错误，借记“资本公积”科目，贷记“实收资本（或股本）”科目，不会影响企业留存收益总额；选项B正确，借记“盈余公积”科目，贷记“实收资本（或股本）”科目，留存收益总额减少；选项C错误，借记“利润分配——提取法定（任意）盈余公积”科目，贷记“盈余公积——法定（任意）盈余公积”科目，属于留存收益内部一增一减，留存收益总额不变；选项D错误，借记“银行存款”等科目，贷记“实收资本（或股本）”科目，不影响企业留存收益总额。

未分配利润=可供分配利润-提取法定盈余公积-提取任意盈余公积-向投资者分配利润；可供分配利润=当年实现的净利润（或净亏损）+年初未分配利润（或-年初未弥补亏损）+其他转入（如盈余公积补亏）。

2022年12月31日，该企业未分配利润余额=300+200-20-90=390(万元）。故选A正确。