该公司发行股票的会计分录为：

借：银行存款  88 100（30 000×3-1 900）

　　贷：股本                 30 000

　　　　资本公积——股本溢价 58 100

回购股份：

借：库存股   3 000（1 000×3）

       贷：银行存款  3 000

注销股份：

借：股本  1 000

       资本公积——股本溢价 2 000

       贷：库存股  3 000

留存收益包括盈余公积和未分配利润。选项A错误，借记“资本公积”科目，贷记“实收资本（或股本）”科目，不会影响企业留存收益总额；选项B正确，借记“盈余公积”科目，贷记“实收资本（或股本）”科目，留存收益总额减少；选项C错误，借记“利润分配——提取法定（任意）盈余公积”科目，贷记“盈余公积——法定（任意）盈余公积”科目，属于留存收益内部一增一减，留存收益总额不变；选项D错误，借记“银行存款”等科目，贷记“实收资本（或股本）”科目，不影响企业留存收益总额。

企业留存收益包括盈余公积和未分配利润。选项D，计入资本公积。