发行股票相关的手续费、佣金等交易费用，如果是溢价发行股票的，应从溢价中抵扣，冲减资本公积（股本溢价）。该公司发行股票应记入“资本公积——股本溢价”科目的金额=6 000×（6-1）-1 080=28 920（万元）。

甲公司应编制如下会计分录：

借：在建工程                         200

       应交税费——应交增值税（进项税额）26

       贷：实收资本                         180

              资本公积——资本溢价              46

企业回购股票但未注销时，借记“库存股"科目，贷记"银行存款"等科目，不涉及“股本”科目，即不会影响股本总额。因此，本题表述错误。

企业留存收益包括盈余公积和未分配利润。选项D，计入资本公积。