本题考查货币市场及其构成。

在回购协议中，作为标的物的主要是国债【选项A】等政府债券或其他可质押债券，也可以是银行承兑汇票【选项B】、大额可转让定期存单【选项E】等金融工具。

股指期权合约【选项C】、股指期货合约【选项D】均为干扰选项，教材未提及。

因此，本题正确答案为选项ABE。

本题考查货币市场及其构成。

同业拆借市场有以下三个特点：

（1）期限短【选项A正确】。

（2）参与者广泛【选项B正确】。

（3）信用拆借【选项E正确】。

安全性高【选项C】和流动性强【选项D】是属于银行承兑汇票的特点，而不是同业拆借市场的特点。

因此，本题正确答案为选项ABE。

本题考查货币市场及其构成。

商业票据的发行一般采用贴现方式，其发行价格可用公式表示为：

发行价格=票面金额-贴现金额 

其中，贴现金额=票面金额x年贴现率×期限÷360

依据题干数据，带入公式得：贴现金额=票面金额×年贴现率×期限÷360=100 000×6%×60÷360=1 000（美元）

发行价格=票面金额-贴现金额=100 000-1 000=99000（美元）。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查货币市场及其构成。

银行承兑汇票市场主要由一级市场和二级市场构成【选项B正确】。一级市场即发行市场，主要涉及汇票的出票和承兑行为【选项A正确】；二级市场相当于流通市场，涉及汇票的贴现与再贴现过程【选项D错误】。

银行承兑汇票具有安全性高、流动性强、灵活性强的特点【选项C正确】。

因此，本题正确答案为选项D。