企业使用估值技术时，应当优先使用可观察输入值，仅当相关可观察输入值无法取得或取得不切实可行时才使用不可观察输入值，选项A当选；当相关资产或负债具有出价和要价时，企业可以使用出价和要价价差中在当前市场情况下最能代表该资产或负债公允价值的价格计量该资产或负债，选项B不当选；在根据选定市场的交易价格确定相关资产或负债的公允价值时，不应当根据交易费用对有关价格进行调整，选项C不当选；以公允价值计量资产或负债，应当首先假定出售资产或转移负债的有序交易在该资产或负债的主要市场进行，选项D不当选。

本题考查的是主要市场中相关资产公允价值的确定。乙公司在估计这批存货的公允价值时，应首先确定主要市场，由于X市场拥有最大交易量且交易活跃程度最高，判断X市场为乙公司销售该原材料的主要市场，该批设备的公允价值=主要市场（X市场）的交易价格-运输费用=50×200-100=9900（万元），选项D正确。

企业不应考虑与计量单元不一致的溢价或折价，选项A不当选；市场参与者所使用的假设即为输入值，可分为可观察输入值和不可观察输入值，选项B不当选；企业应当选择与市场参与者在相关资产或负债交易中会考虑的并且与该资产或负债特征相一致的输入值，不应使用与公允价值计量假定不一致的方法，选项C不当选；企业使用估值技术时，应优先使用可观察输入值，仅当相关可观察输入值无法取得或取得不切实可行时才使用不可观察输入值，选项D当选。

企业在根据主要市场或最有利市场的交易价格确定相关资产或负债的公允价值时，不应根据交易费用对该价格进行调整，选项A错误。不同的企业可以进入不同的市场，对相同资产或负债而言，不同企业可能具有不同的主要市场（或者在不存在主要市场情况下的最有利市场），选项B错误；即使企业能够于计量日在主要市场以外的另一个市场上，获得更高的出售价格或更低的转移价格，企业也仍应当以主要市场上相关资产或负债的价格为基础，计量相关资产或负债的公允价值，选项D错误。