留存收益是企业从历年实现的利润中提取或形成的留存于企业的内部积累，包括盈余公积和未分配利润，选项A正确；盈余公积补亏属于留存收益内部的一增一减，不会影响留存收益总额的变动，选项B错误；盈余公积转增资本，会使盈余公积减少，股本增加，从而使留存收益减少，选项C正确；税后利润补亏，属于利润分配内部的一增一减，不会导致留存收益的变动，选项D错误。

选项D，实物资产的清查方法主要有实地盘点法和技术推算法，并不是所有的实物资产都能用技术推算法进行清查。

委托加工物资收回后直接用于销售的，由受托方代收代缴的消费税计入委托加工物资的成本。该批材料加工完毕入库时的成本=660+56+40=756（万元）。