纳税人申请留抵退税时，只需要提交一张《退(抵)税申请表》，这张申请表可以通过办税服务厅当面提交，也可以通过电子税务局网上提交。

为便利纳税人申请退税，各地电子税务局已实现《退(抵)税申请表》中大部分数据的预填功能，纳税人也可以结合实际经营情况对预填内容进行修改，最后进行确认，即可提交退税申请。

税务部门受理纳税人的留抵退税申请后，将按规定进行退税审核，并根据不同情况出具审核结果。

第一种情形：准予

纳税人符合全部退税条件，且未发现任何风险疑点及未处理事项，准予留抵退税。

第二种情形：不予

纳税人不符合留抵退税的一项或多项条件的，不予留抵退税。

第三种情形：暂停办理

虽然纳税人符合留抵退税条件，但存在风险疑点或相关未处理事项的，将暂停办理留抵退税，并对相关风险疑点进行排查，对未处理事项进行处理。处理完毕后，再按规定继续办理留抵退税。

当税务部门作出准予退税的决定后，将相应开具税收收入退还书，并发送给同级国库部门。

国库部门收到税务机关发送的税收收入退还书后，按规定进行退库审核，审核通过后，将退税款退付到纳税人指定的账户上。

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