D公司适用减按1%征收率征收增值税政策，在上述政策文件发布前，已经开具免税发票和3%征收率普票的应税销售额，发票无须退回，在纳税申报时进行处理即可。

对应销售额应填写在《增值税及附加税费申报表（小规模纳税人适用）》“应征增值税不含税销售额（3%征收率）”相应栏次，对应减征的增值税应纳税额按销售额的2%计算填写在《增值税及附加税费申报表（小规模纳税人适用）》“本期应纳税额减征额”及《增值税减免税申报明细表》减税项目相应栏次。

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国家税务总局公告2023年第1号 《关于增值税小规模纳税人减免增值税等政策有关征管事项的公告》

七、小规模纳税人发生增值税应税销售行为，减按1%征收率征收增值税的销售额应填写在《增值税及附加税费申报表（小规模纳税人适用）》“应征增值税不含税销售额（3%征收率）”相应栏次，对应减征的增值税应纳税额按销售额的2%计算填写在《增值税及附加税费申报表（小规模纳税人适用）》“本期应纳税额减征额”及《增值税减免税申报明细表》减税项目相应栏次。