A企业第一批、第二批发放对象没有重复，分别针对不同的员工，满足全年一次性奖金每个人每年只能申报一次的原则。若A企业两批发放都有张三这个员工，那么企业只能选择一次收入作为年终奖计税，另外一次奖金收入应与张三当月的工资薪金所得合并缴纳个人所得税。

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国税发〔2005〕9号《关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》

一、全年一次性奖金是指行政机关、企事业单位等扣缴义务人根据其全年经济效益和对雇员全年工作业绩的综合考核情况，向雇员发放的一次性奖金。

三、在一个纳税年度内，对每一个纳税人，该计税办法只允许采用一次。

五、雇员取得除全年一次性奖金以外的其他各种名目奖金，如半年奖、季度奖、加班奖、先进奖、考勤奖等，一律与当月工资、薪金收入合并，按税法规定缴纳个人所得税。