乙公司应代扣代缴的企业所得税=1000×10%=100（万元）

注：甲公司为未在我国境内设立机构、场所的非居民企业，如有来源于中国境内的所得，适用10%的预提所得税税率。

乙公司应代扣代缴增值税=（1000+800+5）÷（1+6%）×6%=102.17（万元）

注：①服务（租赁不动产除外）或者无形资产（自然资源使用权除外）的销售方或者购买方在境内，则属于在境内销售服务或无形资产。②境外甲公司在境内发生增值税应税行为，在境内未设有经营机构的，以购买方乙公司为增值税扣缴义务人。扣缴义务人计算应扣缴税额的公式为：应扣缴税额=接受方支付的价款÷（1+税率）×税率。

乙公司应代扣代缴的企业所得税=1000÷（1+6%）×10%=94.34（万元）

注：商标使用费属于特许权使用费所得，按照负担、支付所得的企业或者机构、场所所在地确定，或者按照负担、支付所得的个人的住所地确定，支付商标使用费的乙公司在境内，属于来源于中国境内的所得，应计算代扣代缴企业所得税。提供咨询服务所得和提供设计服务所得均属于提供劳务服务所得，所得来源地按劳务发生地确定，甲公司未派遣相关人员来中国提供服务，因此劳务发生地为境外，所以咨询费和设计费均不属于来源于中国的所得，不需要在我国缴纳企业所得税。

需要办理税务备案手续的项目有：乙公司对外支付的股息、商标使用费、咨询费。

理由：境内机构和个人向境外单笔支付等值5万美元以上（不含等值5万元）的外汇资金，除无须进行税务备案的情形外，均应向所在地主管税务机关进行税务备案。本题中乙公司对外支付的股息、商标使用费、咨询费均高于5万美元，5万美元=5×6.5=32.5（万元人民币），应当办理税务备案手续。

需要在中国缴纳企业所得税。

理由：非居民企业通过实施不具有合理商业目的的安排，间接转让中国居民企业股权等财产，规避企业所得税纳税义务的，应按照规定重新定性该间接转让交易，确认为直接转让中国居民企业股权等财产，应在中国境内缴纳企业所得税。