选项A，除委托个人代理外，企业以现金等非转账方式支付的手续费及佣金支出不得税前扣除；选项B，纳税人违反国家有关法律、法规规定，被有关部门处以的罚款，以及被司法机关处以的罚金和被没收财物的损失，不得在税前扣除，而向银行支付的罚息，可以在税前扣除；选项C，诉讼费用，可以在税前扣除；选项D，企业之间支付的管理费用、企业内营业机构之间支付的特许权使用费和租金，以及非银行企业内营业机构之间支付的利息，不得在税前扣除，但银行内营业机构之间支付的利息，是可以在税前扣除的。

企业提供劳务完工进度的确定，可选用下列方法：（1）已完工作的测量；（2）已提供劳务占劳务总量的比例；（3）发生成本占总成本的比例。

选项D，企业从事符合条件的环境保护、节能节水项目的所得，自项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第一年至第三年免征企业所得税，第四年至第六年减半征收企业所得税。

选项BD，属于不征税收入（而非免税收入）；选项C，属于应当征税的收入。