（1）主刑只能独立适用，不能附加适用；选项D正确，选项A错误。

（2）附加刑包括罚金、剥夺政治权利、没收财产和驱逐出境（对犯罪的外国人适用），管制、拘役均为主刑；选项C错误。

（3）附加刑（包括“驱逐出境”）既可以独立适用，也可以附加适用；选项B错误，选项E正确。

选项A，犯罪嫌疑人自动投案后又逃跑的，不能认定为自首。

选项C，犯罪以后自动投案，如实供述自己罪行的，是自首。犯罪嫌疑人是逃跑后被抓获到案，不符合自动投案前提，就算后期如实供述自己罪行，也不属于自首。

（1）缓刑适用于被判处拘役或者3年以下有期徒刑的犯罪分子，符合条件的，可以宣告缓刑，对其中不满18周岁的人、怀孕的妇女和已满75周岁的人，应当宣告缓刑；所以选项C正确，选项D错误。

（2）对于累犯和犯罪集团的首要分子，不适用缓刑；所以选项A、B错误。